根据上述职责，市水利局设11个内设机构，均为正科级建制。
承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设。负责行政执法和审批及相关业务指导。负责保障水资源的合理开发利用。指导区域内生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。
水利局下属单位有：水土保持站和水政监察大队。
负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制和教育培训工作；指导水利行业人才队伍建设；负责水利体制改革的有关工作；负责局机关和指导局直属单位离退休人员的管理服务工作；负责局机关和指导直属单位计划生育工作。
编制人事科主要职责：负责局机关和直属单位的机构编制和人事工资、劳动保障管理和教育培训工作；承办全市水利行业、局属单位的职称评聘工作；负责水利体制改革的有关工作。
综合事业局内设9个职能部门，职能如下：（1）负责组织局内部规章制度建设，协助领导协调机关日常工作和直属单位有关工作，负责重要事项的催办。
财务审计科、水政水资源科、办公室、防汛抗议旱指挥部办公室不是下属单位。并且防汛抗议旱指挥部是当地政府设立的一个机构，挂设在水利局的，是级别最高的一个部门。
南水北调工程设计管理中心；-南水北调中线干线工程建设管理局；-南水北调东线总公司。这些部门的设立是为了加强水资源合理利用、优化配置和节约保护，体现了水利部职能转变的方向。
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